Entre 1954 et 1961, la France va reconnaître l'indépendance de l'Indochine (Laos, Cambodge et Viêt Nam), de la Tunisie et du Maroc, de la Guinée, des treize républiques africaines et de la République malgache qui se substituent aux anciens territoires de l'AOF et de l’AEF.

En 1958, les troupes coloniales deviennent troupes d’outre-mer avant de retrouver, en 1961, leur appellation traditionnelle de troupes de marine. Les Africains quittent les unités au moment de l’accession de leur pays à l’indépendance.

Les troupes de marine accompagnent alors les transferts de souveraineté tout en s’adaptant aux missions nouvelles qui apparaissent. Elles deviennent les principaux acteurs de la mise en application des accords de coopération et de Défense qui lient la France avec de nombreux pays Africains.